宇智波带土隐姓埋名，化身为阿飞。
宇智波佐助和带土一起偷偷前往铁之国，未想到被鸣人一行人碰到。
对佐助依然抱有爱意的小樱无奈决定杀死佐助。
鸣人不愿放弃佐助，苦口相劝。
但是佐助丝毫不为所动，并在和鸣人大战一场后，带走原本跟随着卡卡西的香磷，纲手因为伤势过重，陷入昏迷，刚刚压制了佐助的纲手学生，志村团藏接任代理火影。
鹰小队和带土、绝一起来到会场。
大闹五影会谈后，带土宣布大战结束，而后悄悄离开。
因互相猜忌，五影会谈不欢而散，五大国之间的关系不复当初。
同时，五大国公开宣布，处决佐助。
鸣人等人回到木叶。
长门卷土重来，掌控了晓，化身马克思佩恩，要让世界感受痛楚。
鸣人因为受伤过重，实力无法回到巅峰，加上和九尾的间隙，堪堪和佩恩打了个平手。
纲手苏醒，和卡卡西一起惊退了佩恩。
鸣人不愿想起往事，前往妙木山，散去一身仙术。
虽然叛出了五大国，但佐助依然不希望晓成功，因此他带领鹰小队潜入晓的内部，获得被切下来的八尾触角，寻找偷溜的奇拉比。
另一边，被艾抓住的奇拉比为了逃脱，放走了干柿鬼鲛，但同时剥夺了他得到的所有情报。
悄悄逃回云隐的奇拉比遇上佐助，因为误会，两人大战。
因为心生愤懑，加之收到了阿飞的蛊惑，佐助竟然失忆，将一切的罪责归咎于鼬。
但同时，佐助也减轻了对木叶的怨恨，万花筒写轮眼再也无法开启。
他找到了已经病重的鼬，与之对决。
鼬第一次展现了佐助再也无法使用的须佐能乎，成功逃脱。
晓元气大伤，重归暗处，伺机行动。
佐助将怒火发泄到迪达拉身上，斩断了迪达拉的双臂，让其逃脱。
另一方面，鸣人儿子的学生，好色仙人自来也前往晓的营地，盗取机密，从此名声大噪。
晓的行动依然在暗中进行。
佐助遣散了香磷，将水月关进容器，并说服重吾回到监狱。
为了重新提升自己的力量，佐助从封印中再次召回大蛇丸，并将兜身上所有他人的细胞清除，重新修行。
第十班遭遇从鹿林逃脱的飞段和重新找到了五个心脏的角都二人组，大败。
他们的学生阿斯玛挺身而出，顺利解围。
鸣人找到了在大蛇丸基地的佐助。
佐助最后一次与九尾直接相见。
劝说佐助无果，鸣人、小樱和佐井离开了大蛇丸基地。
鸣人发现自己爱上了小樱，但是小樱依旧心系佐助，不曾答应。
为了拯救风之国的忍医之道，我爱罗牺牲自己，让千代复活。
但在鸣人等人的帮助下，从迪达拉和蝎的手中夺回一尾守鹤，让我爱罗复活。
为了拯救佐助，鸣人和自来也离开木叶，继续修行。
疾风传完。
三年后，我爱罗卸任风影之职。
鸣人返回木叶，年岁渐老，实力大退，依旧答应了小樱誓死追回佐助的希望。
为了报仇，佐助再次潜回木叶，被鸣人发现，两人爆发大战，却意外发现双方都实力大减，仍然旗鼓相当。
为了保护佐助，君麻吕、四人组纷纷出现，对阵我爱罗、丁次小队。
但佐助还是被卡卡西截住，留在了木叶。
为夺回佐助，大蛇丸破解尸鬼封尽，从死神口中夺回双臂，并设计砂忍村一同攻击木叶。
但由于自来也和其弟子猿飞日斩的存在，大蛇丸被成功击退。
纲手十分欣赏这名弟子，将火影之位传给了他。
猿飞日斩和终于发现大蛇丸阴谋的砂忍村重新联盟，联合开展中忍考试。
日向宁次因为妹妹和鸣人大打出手，虽然被打败，却愈加瞧不起鸣人，连日向雏田也不愿再多看一眼。
佐助终于回到木叶，对木叶的恨意也渐渐消退，将所有的恨都转移到了鼬身上。
小樱依然爱着佐助，可明白两人已经回不到从前。
鸣人因为年纪过大，变成了老顽童，失去了和九尾的所有共鸣，自来也不得不将其封印。
为了保护鸣人，也不让他过于影响到村子里的村民，后辈伊鲁卡挺身而出，对他十分关照。
终于，卡卡西成长到佐助三人无法教授的水平，
和阿斯玛、日夕红成为上忍中的精英。
在五大国相互敌视中，暂时的和平到来。
下次的战火会什么时候开始，谁也不知道。